يُعتبر قسم الكيمياء الطبية في جامعة الشارقة حجر الزاوية في كلية الصيدلة متعددة التخصصات، حيث يقدم المعرفة الأساسية لطلاب الصيدلة من خلال مجموعة من المساقات الإلزامية والاختيارية لبرامج البكالوريوس والدراسات العليا. يركز القسم على اكتشاف الأدوية، ويستخدم تقنيات متخصصة مختلفة لتحديد مُركبات جديدة ترتبط بشكل انتقائي وفعال بالأهداف البيولوجية، وبالتالي تغيير وظائفها العلاجية. يعالج البحث في القسم أساسًا الأمراض غير المعدية والمعدية، بما في ذلك السرطان والسكري والعدوى البكتيرية والفيروسية. وقد توسع نطاق الأبحاث في القسم مؤخراً ليشمل اكتشاف مؤشرات الأمراض البشرية باستخدام أدوات الفحص الشامل مثل تقنيات الأوميكس المتعددة والمطياف الكتلي المتقدم.

باعتبار القسم مُجهزاً بمعدات وأجهزة حديثة مثل كروماتوغرافيا الفلاش، وLC-MS/MS، وGC-MS/MS، وICP، وكروماتوغرافيا الأيونات، ومطياف الرنين النووي المغناطيسي (NMR)، فإنه يدعم الأبحاث المتطورة في تصميم واكتشاف الأدوية. وبفضل ما يحظى به أعضاء الهيئة التدريسية في القسم بتقدير على المستويين الوطني والدولي لما يقدمونه من إسهامات ابتكارية، فقد نجحوا في الحصول على تمويل خارجي للأبحاث وعلى نحو مستمر. كما أنهم يستخدمون منهجيات تدريس تفاعلية تركز على الطالب ويساهمون في برامج الماجستير والدكتوراه في العلوم الصيدلانية. يحصل طلاب قسم الكيمياء الطبية على تجربة تعليمية شاملة يلتقي فيها كل من الكيمياء والبيولوجيا، مما يُعدهم للأبحاث متعددة التخصصات وللمهن في مختبرات الطب الشرعي، وضبط الجودة، وصناعة الأدوية، وشركات تصميم واكتشاف الأدوية، ومختبرات البحث البيولوجي الطبي.